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WSL_Ubuntu和Qiime2使用方法（实时更新）

发表于
更新于
106 1818

Windows下Linux子系统Ubuntu安装后，从该系统上安装Qiime使用方法

[!TIP]
Ubuntu是Linux发行版之一。

Windows下Linux子系统是微软官方开发的用于连通Windows和Linux的项目，

该项目可直接在Windows平台上运行Linux各种发行版如Ubuntu

该项目Linux默认与Windows文件系统共享，无需单独往里面拷贝数据，除非对数据读取速率有要求可参考方案3，否则直接用方案1即可

方案1 全命令法（推荐）

[!TIP]
命令建议直接复制

  1. 查看当前安装Ubuntu的实际名称

    1. 开始菜单搜索Powershell或者Windows徽标键+X调出菜单以终端打开

    2. 输入wsl -l -v，并记录实际名称，这里Name是Ubuntu，不同的安装显示的名字不一样一定要记录后面要用

      image

  2. 打开需要使用Qiime2处理的数据所在的文件夹，这里假设是名称是 新建文件夹

  3. 右键在文件资源管理器空白处，点击以终端打开（或者直接在地址栏清空原地址输入powershell）

    image

  4. 输入wsl -d Ubuntu

    Ubuntu名称根据之前记录的实际名称按需调整

  5. 此时已经进入Ubuntu同时路径切换到当前路径

  6. 此时输入conda activate qiime2即可激活qiime2环境

    • 输入 qiime info​查看版本安装信息，输入qiime --help查看命令提示符帮助文档

    • 输入conda env list可以查看当前所有安装的Conda虚拟环境名称以及安装位置

    [!TIP] 💡 便捷方法
    无需每次都激活相应的环境

    conda run -n 环境名 命令 命令参数
比如 conda run -n qiime2 qiime info

方案2 使用cd命令法

  1. 开始菜单或者桌面打开Ubuntu

  2. 使用cd命令切换存放数据的文件夹

    1. 假设数据存放在D盘的C1文件夹，则需输入命令cd /mnt/d/C1

    2. 其他文件以此类推

    [!TIP]
    Windows的Linux子系统项目默认把Windows系统上所有磁盘挂载到了Linux系统里的/mnt/文件夹下，

    因此查看ls /mnt下内容会发现所有盘符，故可以直接访问Windows系统磁盘内容，唯一区别是使用cd命令时候路径用斜杠不是\而是/，同时无冒号，比如

    D:\Data对应/mnt/d/Data，使用cd /mnt/d/Data

  3. 之后步骤和之前一样激活环境即可

方案3 可视化拷贝数据到Ubuntu内

  1. 打开文件资源管理器，最左方有个Linux，Ubuntu->实际用户名文件夹（该文件夹就是打开Ubuntu默认切入的用户根目录）

    image

  2. 往里面新建文件夹拷贝数据即可，然后在打开桌面或开始菜单的Ubuntu激活qiime使用

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